KOF98依然分为ADVANCED MODE和EXTRA MODE两种模式。此作中ADVANCED MODE模式能量槽数量进行了调整，根据角色对战顺序能量槽的最大数量分为三个四个以至五个，但是能量槽的继承同样也受到心情的影响。EXTRA MODE能量槽则依角色对战顺序逐渐缩短，集气速度则加快。使得回避防守和进攻的切换速度大大加快。此外指令投以及必杀技不中的话会出现硬直动作，前作中诸多BUG得到了修正。
类目 | 方法 |
|---|---|
隐藏人物 | 在选人画面中按开始键选择以下人物可出现对应的隐藏人物； 京（'95京）、特瑞（里特瑞）、安迪（里安迪）、丈（里丈）、RYO（里RYO）、罗伯特（里罗伯特）、百合（里百合）、舞（里舞）、比利（里比利）、大蛇队（里大蛇队） |
隐藏生存模式 | 普通生存模式通关，然后重新进入模式选择菜单，光标移到survivor上，按住START键不放再C和A一起按（或者一起按住START+C键不放，再按A键）就会出现， 注：隐藏的生存模式对手的组队完全是随机的，不计时，一旦失败是无法像普通生存模式一样可以接关的 |
崔稻妻特别画面 | 1.队伍中必须有崔稻妻 2.场景必须是“日本街头” 3.第三回合崔稻妻30秒内KO对手，但不能是perfect，且KO对手必须用的是必杀技、超必杀技甚至MAX超必杀技 4.KO对手后按住C键不放选择胜利动作 以上条件都达成，就会出现SNK日本电台两位人气主持骑单车的场景 |
矢吹真吾的乱入（需运气） | 1.STAGE-3 CLEAR后分数≥10W 2.STAGE-4期间至少打出一个perfect，分数≥10W 3.STAGE-5要STREAK CLEAR（1挑3取胜），分数≥10W 注：三种不同条件下出现的矢吹真吾等级是不同的，且整个通关流程矢吹真吾只会乱入一次。 |
特别结局 | 1.三神器队：草薙京、八神庵、神乐千鹤 2.英雄队：草薙京、特里博加德、坂崎良 3.三号人物队：东丈、坂崎由莉、大门五郎 4.少年队：克里斯、椎拳崇、矢吹真吾 5.女性大蛇八杰集队：夏尔米、马卓、薇思 6.棒球队：布鲁玛丽、洛奇古劳巴、拉尔夫琼斯 7.快打旋风队：东丈、陈国汉、比利卡恩 8.帽子队：克拉克斯蒂尔、特里博加德、洛奇古劳巴 9.坂崎家族队：坂崎良、坂崎由莉、坂崎琢磨 10.大蛇薙队：草薙京、草薙柴舟、里克里斯 11.老爸队（Father Team）：草薙柴舟、坂崎琢磨、金家潘 12.草薙流队：草薙京、草薙柴舟、矢吹真吾 13.喜感队：蔡宝健、椎拳崇、罗伯特加西亚 14.男性大蛇八杰集队：克里斯、山崎龙二、七枷社 15.好色队：蔡宝健、镇元斋、陈国汉 16.古武术流队：八神庵、矢吹真吾、草薙京 17.杂牌怒队：拉尔夫琼斯、哈迪伦、莉安娜 18.超重游击队：陈国汉、拉尔夫琼斯、布莱恩巴特勒 19.少女队：不知火舞、坂崎由莉、麻宫雅典娜 20.卢卡尔和他的秘书队：卢卡尔、马卓（’94卢卡尔秘书）、薇思（‘95卢卡尔秘书） 21.冒牌主角队：二阶堂红丸、大门五郎、矢吹真吾 22.二号人物队：罗伯特加西亚、安迪博加德、二阶堂红丸 23.4月8号生日队：矢吹真吾、马卓、金 |